Generar factura es algo que Woocommerce no hace por sí solo a día de hoy. Hay muchos sistemas, tanto gratuitos como de pago. Aquí cuento los dos más básicos que he usado yo. Ambos son gratis, con sus limitaciones y versiones de pago.
Si no quieres que la factura se envíe atomáticamente por correo al cliente, sino generarla tú con un click en sólo los casos que te interesen, usa WooCommerce PDF Invoices & Packing Slips
Si en cambio quieres que se envíe automáticamente por correo en cada compra, usa woocommerce-pdf-invoices
En ambas te deja añadir un logotipo, color principal y los datos de tu empresa.
OJO – cuando tu cliente va a realizar el pedido, no tiene un campo que le pida el DNI o NIF – el truqui que se nos ha ocurrido para mantener todo en lo gratis baratero y no añadir más complicaciones es indicar dentro del proceso de compra, que si desean factura indiquen su número de NIF/DNI junto al nombre de la empresa.