Tenemos dos formas: usar autofirma o usar adobe y su programa para gestionar y editar pdfs.
Autofirma genera un fichero de firma electrónica (que no es pdf).
Adobe genera un pdf con la certificación dentro.
Yo prefiero la segunda, porque es capaz de embeber el certificado dentro del propio archivo del pdf. Autofirma es la oficial, pero genera un archivo de firma que muchas plataformas no admiten ni reconocen.
No obstante, es necesario tener el programa de autofirma instalado para muchos trámites de certificados con la admisitración española.
Antes había muchas dificultades: sólo se podía hacer desde windows, en un sólo tipo de explorador y era un sufrimiento. Hoy en día, se puede hacer desde chrome y mozilla firefox sin problema alguno.
NOTA: cada administración provincial puede tener sus sistemas propios con requisitos independientes, pero autofirma está bastante extendido entre las distintas administraciones.
Resumen: hay que descargarse autofirma sí o sí, pero es útil si se tiene Adobe Acrobat saber cómo se pueden realizar firmas electrónicas legales.
Con autofirma
Online
A través de ValidE
Instalando el programa autofirma en el ordenador
Descargando el programa de autofirma.
Es necesario tenerlo para muchos trámites electrónicos con la administración a través del navegador, por lo que es buena idea descargarlo sí o sí.
Con Adobe Acrobat (certificado embebido en el pdf)
La Casa de la Moneda ofrece un documento en el que explica cómo podemos realizar esta operación con Adobe Acrobat
IMPORTANTE: no saltarse el paso en el que se actualizan las preferencias de confianza de los certificados. Yo no conseguí una firma de certificado válida hasta que lo hice. Puede tardar un rato en decirte que ha sido actualizado correctamente.